Het bestuur van Stichting Jongerenopvang Zeeland bestaat uit twee bestuursleden. Te weten, een bestuursvoorzitter, secretaris, en een penningmeester. Het bestuur besluit over binnenkomende projectaanvragen. Deze aanvragen dienen te voldoen aan de projectvoorwaarden. Verder beheert het bestuur het vermogen van de stichting en houdt zij toezicht en controle op de financiering van de projecten.
Het bestuur van Stichting Jongerenopvang Zeeland bestaat uit Annet van Alten (bestuursvoorzitter), Vacature (penningmeester) en Pauline Visser (secretaris). Deze bestuursleden ontvangen geen beloning voor hun werkzaamheden.